Первый вопрос, который возникает, когда речь идет о происхождении океанов: откуда взялась океаническая вода? Прежде чем ответить на него, рассмотрим биологические и геохимические аспекты истории океана. Академик Л. А. Зенкевич подчеркивал, что «фауна океана — наиболее верный и точный свидетель всех изменений орографии и физико-химического режима океана за время его существования». Он пришел к выводу, что еще нижнекембрийская фауна по видовому разнообразию была океанической фауной, которая не могла обитать в небольших эпиконтинентальных водоемах. Океан, в том числе глубоководный, существовал по меньшей мере в течение всего фанерозоя. Но палеонтологические данные не дают возможности судить об изменении объема океанической воды. В докембрии и палеозое океаны могли занимать меньшие площади, чем теперь, и в этом случае суммарный объем воды на поверхности Земли мог быть много меньше.

Изучение современной и ископаемой фауны океанов позволяет сделать определенные выводы об изменении глубин океанических бассейнов. Рассмотрев видовой и родовой состав фауны, заселяющей сейчас глубоководные океанические желоба, Г. М. Беляев пришел к выводу, что глубоководная фауна в основном различается по видам, что указывает на ее молодость. Большая часть — это эндемичные виды, живущие только в одном желобе, что свидетельствует об образовании глубоководных желобов в недавнее геологическое время, заселяющихся вновь возникшими видами животных.