Ученые установили, что основной причиной колебания уровня в четвертичный период было изменение объема океанических вод вследствие таяния (или возникновения) материковых ледников.  С меньшей долей вероятности можно предполагать такое объяснение и для неогена, поскольку в то время еще существовали ледники на Антарктическом материке.Однако такое объяснение не годится для более ранних  эпох,  и в особенности для мезозоя. Колебания уровня Мирового океана вызваны какими-то иными причинами. Одна из возможных — поднятие уровня океана вследствие накопления в нем осадков. Сейчас установлено, что, за исключением прибрежных районов, скорости осадконакопления в океанах очень низкие.

Поэтому названная причина если и может повлиять на подъем уровня океана, то крайне слабо. В этом легко убедиться на примере последнего (кайнозойского) отрезка геологической  истории — несмотря  на   обильный   снос осадков за счет размыва гор, имеет место регрессия. Следует обратить внимание на то, что за счет осадков уровень океана может подниматься, но не опускаться. Трансгрессию на континентах могут вызвать и подводные излияния больших объемов вулканических лав.

Колебания уровня океана связывают также с горообразовательными движениями на континентах. Давно замечено, что крупным орогеническим фазам соответствуют регрессии, а тектонически спокойным эпохам — трансгрессии. Однако продолжительность регрессий в несколько раз превышает время орогенических фаз. Кроме того, в разных районах складкообразование происходит в разное время.