Иная обстановка в краевых частях глубоководных котловин и на подводных хребтах. Там почти повсеместно (в 13 скважинах) обнаружены осадки, отлагавшиеся в мелководных условиях. Признаки мелководности выражаются в наличии глауконитовых и фосфатных отложений, мелководной фауны (пелециподы, мшанки, крипоидеи), угленосных пород. Чаще признаки мелководности отмечаются в низах осадочной толщи океана, а выше, по разрезу, бурением вскрыты глубоководные слои.Опускание дна было быстрым и не компенсировалось осадконакоплением. В граничащей с Австралией Восточно-Австралийской котловине опускание началось в верхнемеловую эпоху и продолжалось в кайнозое. За это время дно понизилось на 5500 м. Скважина, пробуренная на Западно-Австралийском поднятии, показала, что там опускание началось позже — во вторую половину палеогена.

За последние 50 млн. лет погрузились Восточно-Индоокеанский и Мальдивский хребты, первый — на 2500—3500 м, второй — на 2000 м. Погружение плато Натуралистов (у юго-западного выступа Австралии) и западной части Сомалийской котловины (близ материкового склона Африки) началось еще позже — в миоцене и достигло с того времени 3000—4000 м.

Поскольку доказательства опускания дна обнаружены как в восточной, так в центральной и западной частях Индийского океана, следует отметить, что это не локальные явления, а процесс, захвативший весь океан. Он проявился, с одной стороны, в расширении площади глубоководных котловин. Такое расширение океана происходило в верхнемеловое время, в палеогене и неогене.