Строение рельефа и осадочного покрова Японского глубоководного желоба достаточно сложно. Желоб асимметричен. Обращенное к вулканической дуге крыло его более крутое, но на более пологом приокеанском крыле также существует система разломов, по которым отдельные части крыла приподняты и опущены, словно клавиши. Наиболее сложно построена осевая часть желоба, состоящая из одного или нескольких узких прогибов, частично заполненных осадками.Огромная протяженность желобов, их линейность и своеобразный поперечный профиль свидетельствуют, что образование таких отрицательных структур на океаническом дне связано с системой гигантских разломов.

Обширные пространства океанического дна с глубинами более 4000 м именуются океаническими котловинами. На обзорных картах дна океана они выглядят совершенно плоскими чашами или овалами, расположенными между материковым уступом и срединно-океаническим хребтом. Однако в действительности рельеф их много сложнее, и лишь из-за мелкомасштабности обзорных карт отобразить его не оказалось возможным. Многие глубоководные котловины Атлантики, Тихого и других океанов имеют особый тип рельефа, не встречаемый на континентах.

На совершенно плоском дне поднимаются одиночные горы и сложно построенные поднятия. Высота гор нередко достигает 1000 м и более, а протяженность — 10 миль и более. Другой особенностью морфологии таких областей является единый уровень плоских участков на огромных пространствах дна. «Создается впечатление,— пишет А. В. Ильин,— что холмы и горы, поднимающиеся над ними, погружены в жидкость, свободно сообщающуюся между ними».